财务管理系成立于2010年6月，其前身是建立于2000年9月的华侨大学工商管理系财务与会计教研室，2005年正式招收财务管理专业本科生，2007年开始招生会计学硕士研究生。

财务管理系在本科生培养中，按照专业执业人员的要求，培养适应现代市场经济需要、具有良好职业道德和思想品质，掌握财务学基础理论、专门知识和技能，能够胜任各类企事业单位、金融机构、会计师事务所及其他中介组织、政府管理部门的理财、会计或审计等工作的高素质应用型人才。财务管理本科专业核心课程包括会计学基础、初级财务管理、中级财务管理、高级财务管理、中级财务会计、财务分析、成本管理会计、企业税务、金融学、会计信息系统、会计仿真模拟实训等。在研究生培养中，强调理论基础扎实，熟练运用模型和定量分析方法，提炼财务与会计的新方法和新规律。

在校外多家企业、会计师事务所设立了实习基地，包括福建省华兴会计师事务所泉州分公司、香港丁何关陈会计师行等。